4月9日に実施された秋田県潟上市長選挙で、開票した票数の合計（投票総数）が投票者数よりも4票上回るトラブルがあった。職員の計算や記入ミスなどが原因だったそうだ。
投票総数と投票者数が合わないトラブルは多発している。2016年の参議院議員選挙では、岩手県盛岡市で投票総数と得票数が合わず集計誤りが原因と発表された。同じことが札幌市厚別区と東区でも発生した。兵庫県西宮市では7票のずれが判明して約22万票を数え直し、伊丹市でも同じことが起きた。2015年4月の徳島県議会選挙では、徳島市で投票総数が投票者数よりも5票多かったが、トラブルの原因が特定できず関係者が処分された。
トラブルは他にもある。2016年参議院選挙では選挙区と比例代表の投票用紙を誤って交付したり、期日前投票をした有権者に再び投票用紙を交付して二重投票になったりするミスが相次いだ。毎日新聞は、岐阜県羽島市、福島県郡山市、神奈川県愛川町、横浜市磯子区、青森県つがる市、北海道旭川市、青森県五所川原市、同県野辺地町、長野県須坂市、山形県河北町、大阪府和泉市などと自治体名を列挙して報道した。二重投票も静岡市清水区、静岡県三島市、秋田県大館市などで起きたそうだ。2015年の仙台市議会議員選挙でも交付ミスがあり、二重投票は「なりすまし投票」の疑いで警察に通報された。
選挙区からすでに転出しているのに投票を認めた例も多い。2015年の統一地方選挙について、高知県議会選挙、鳥取県知事選挙で発生したと日本経済新聞が伝えている。過去記事には、このほかにも選挙管理に関するトラブルがたくさんあった。
電子投票に対して「信頼性が疑問」という意見がいまだに存在する。しかし、「紙の投票」にも問題があることはこれらの事例で明らかである。また、紙ゆえに誤交付が起き、数えなおしに膨大な時間がかかる。いつまでもこのような20世紀型を続けるのではなく、マイナンバーカードを使った電子投票など、21世紀にふさわしい投開票方法を検討すべきである。
